柏Ⅱキャンパスは、柏キャンパスと柏の葉キャンパス駅（つくばエクスプレス）の間に位置し、「つくば‐柏‐本郷イノベーションコリドー構想（※）」の中心拠点となっています。平成18年度に新領域創成科学研究科の附属施設である生涯スポーツ健康科学研究センターを設置（平成31年度廃止）。平成21年には、インターナショナル・ロッジ柏ロッジが建設されました。令和元年11月には、産業技術総合研究所柏センター（平成30年11月竣工）と本学の産学官民連携棟（令和元年６月竣工）の開所を記念して合同で見学会・式典・祝賀会を開催。また、令和３年３月には、本学の情報基盤センターと国立情報学研究所の合同開所式が開催されました。令和３年４月には、本郷キャンパスから情報基盤センターが移転し、柏Ⅱ地区事業場が設置されました。
東京大学柏Ⅱキャンパスの適正かつ効率的な管理運営に資するため、柏Ⅱキャンパス管理委員会が置かれています。
